几十年来，科学家们已经知道，尽管它的名字是“垃圾DNA”，但它实际上起着至关重要的作用:编码基因为构建蛋白质提供了蓝图，而蛋白质指导着身体的大部分功能，而基因组的一些非编码部分，包括以前被视为“垃圾”的区域，似乎会提高或降低这些基因的表达。但目前还不清楚某些非编码区域是如何影响基因表达水平的——也就是说，基因被复制成RNA并用于制造蛋白质的次数。
“垃圾DNA”的进化观点
在这项研究中，研究人员观察了STRs如何与称为转录因子的蛋白质相互作用。转录因子附着在非编码DNA上，调节蛋白质编码基因的表达。
但目前的模型并不能充分解释转录因子何时何地与非编码DNA结合以调节基因表达。有时候，没有转录因子附着在看起来完美的基序上。其他时候，转录因子与非基序的DNA片段结合。
为了更好地理解短串联重复序列在基因表达中的作用，研究人员将其机制分解为最基本的:转录因子和裸DNA。他们使用Fordyce斯实验室设计的专门分析方法，并排进行数千个小实验，节省了时间和金钱。
这些实验比较了转录因子与数千个DNA序列的紧密程度——那些有首选基序的，那些没有基序的，那些被随机序列或各种各样的STRs包围的。
为了发现DNA和转录因子是如何相互作用的，Horton制造了数百个突变的转录因子。他发现转录因子DNA结合域的变化影响了转录因子能否识别基序和STRs。研究人员得出结论，转录因子直接与重复的遗传密码相互作用，附着在它和DNA结合域的基序上。
帮助理解多基因疾病的模型
研究小组进行的大量实验——超过6000次——使得建立一个控制转录因子结合的规则模型成为可能。他们的发现甚至可以帮助研究人员理解和模拟其他转录因子和调节基因表达的DNA非编码区域之间的相互作用。
非编码调控区如何影响转录因子结合的模型可以帮助研究人员了解这些序列在多基因疾病中的作用。多年来，全基因组关联研究已经将STRs的变化与各种疾病联系起来。
参考文献：Short tandem repeats bind transcription factors to tune eukaryotic gene expression
