说到抗体，就不得不提到样本中细胞与之结合的抗原。抗原是什么呢？

抗原就是具有异物性、大分子性和特异性的能够刺激机体产生（特异性）免疫应答，并能与免疫应答产物抗体和致敏淋巴细胞在体内外结合，发生免疫效应（特异性反应）的物质。

异物性是指进入机体组织内的抗原物质与该机体组织细胞的成分不相同。抗原一般是指进入机体内的外来物质，如细菌、病毒、花粉等；抗原也可以是不同物种间的物质，如马的血清进入兔子的体内，马血清中的许多蛋白质就成为兔子的抗原物质;同种异体间的物质也可以成为抗原，如血型、移植免疫等；自体内的某些隔绝成分也可以成为抗原，如眼睛水晶体蛋白质、精细胞、甲状腺球蛋白等，在正常情况下，是固定在机体的某一部位，与产生抗体的细胞相隔绝，因此不会引起自体产生抗体。但当受到外伤或感染，这些成分进入血液时，就像异物一样也能引起自体产生抗体，这些对自体具有抗原性的物质称为自身抗原，所产生的抗体称为自身抗体。由于自身抗体与自身抗原发生反应，于是就引起自身免疫疾病，如过敏性眼炎、甲状腺炎等。机体其它自身组织的蛋白可因电离辐射、烧伤、某些化学药品和某些微生物等理化和生物因素的作用发生变性时，也可成为自身抗原，引起自身免疫疾病，如红斑狼疮病、白细胞减少病、慢性肝炎等。

大分子性是指构成抗原的物质通常是相对分子质量大于10000的大分子物质，分子量越大，抗原性越强。绝大多数蛋白质都是很好的抗原。为什么抗原物质都是大分子物质呢?这是因为大分子物质能够较长时间停留在机体内，有足够的时间和免疫细胞(主要是巨噬细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞)接触，引起免疫细胞作出反应。如果外来物质是小分子物质，将很快被机体排出体外，没有机会与免疫细胞接触，如大分子蛋白质经水解后成为小分子物质，就失了抗原性。

特异性是指一种抗原只能与相应的抗体或效应T细胞发生特异性结合。抗原的特异性是由分子表面的特定化学基团所决定的，这些化学基团称为抗原决定簇。抗原以抗原决定簇与相应淋巴细胞的抗原受体结合而激活淋巴细胞引起免疫应答。换言之，淋巴细胞表面的抗原识别受体通过识别抗原决定簇而区分"自身"与"异己"。抗原也是以抗原决定簇与相应抗体特异性结合而发生反应的。因此，抗原决定簇是免疫应答和免疫反应具有特异性的物质基础。

了解了抗原，我们说回到抗体。通过对抗原的认识，我们也知道了抗体就是机体组织在感受到特定外来物质时由浆细胞（效应B细胞）分泌、被免疫系统用来鉴别和中和外来物质如细菌、病毒等的蛋白质。目前仅在脊椎动物B细胞的细胞膜表面及其血液等体液中发现抗体。

抗体的表现形式为大型Y形结构。抗体是具有4条对称多肽链的单体分子，其中2条较长、相对分子量较大的相同的肽链称为重链（H链），2条较短、相对分子量较小的相同的肽链称为轻链（L链），链间由二硫键和非共价键联结。轻链有κ和λ两种，重链有μ、δ、γ、ε和α五种。整个抗体分子可分为恒定区和可变区两部分。在给定的物种中，不同抗体分子的恒定区都具有相同的或几乎相同的氨基酸序列。可变区位于"Y"的两臂末端。在可变区内有一小部分氨基酸残基变化特别强烈，这些氨基酸的残基组成和排列顺序更易发生变异区域称高变区。高变区位于分子表面，最多由17个氨基酸残基构成，少则只有2 ～ 3个。高变区氨基酸序列决定了该抗体结合抗原抗原的特异性。一个抗体分子上的两个抗原结合部位是相同的，位于两臂末端称抗原结合片段（antigen-binding fragment, Fab）。"Y"的柄部称结晶片段（crystalline fragment,FC），糖结合在FC 上。

抗原抗体都了解了，那我们开头说的荧光素偶联抗体是什么，为什么能成为流式细胞术三要素之一呢？

在流式检测中，我们将待检测样本细胞上的大分子蛋白等物质看作抗原，我们要检测该细胞就得用能特异性识别其所携带抗原的抗体去标记样本，样本中结合抗体的细胞的多少就说明该样本中某细胞群的大小。那我们怎么去定量样本中结合了抗体的细胞的数量呢？这就是荧光素偶联抗体存在的意义了。

荧光素是一种能够吸收激发光能量而产生荧光并能作为染料使用的有机化合物。我们将具有能与蛋白质分子形成稳定共价键结合的化学基团或易于转变为此类基团而不破坏其荧光结构的、与蛋白质结合需要量很少的荧光效率高的、与抗体结合后不影响其免疫学特异性的、偶联物产生的荧光颜色与细胞自发荧光容易判断的、与蛋白质结合方法简便快速且游离的状态及其降解产物容易去除的、在一般储存条件下其结合物的性能稳定可保存使用较长时间的荧光素用于标记抗体，目前使用的主要有异硫氰酸荧光黄（FITC）、藻红蛋白（PE）、四甲基异硫氰酸罗丹明（TRITC）等。

样本中细胞与偶联了荧光素的抗体结合后经过流式细胞仪激发光的照射就会被激发出相应荧光素的荧光。荧光信号被流式细胞仪光学系统接收后转化为电子信号，并以散点图等各类形式呈现出来，图中不同的信号群表示不同的细胞亚群，以此为依据计算该细胞亚群所占比例。