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发布日期:2023/9/5 15:41:00

 

  反向遗传学被认为是了解病毒发病机制和疫苗开发不可或缺的工具。大型的RNA病毒,例如冠状病毒,由于基因组较大且不稳定,在大肠杆菌中很难克隆和操作,因此,为RNA病毒提供一个快速、稳健的反向遗传平台将有利于相关研究的开展。文中作者展示了一个基于酵母(Saccharomyces cerevisiae)的合成基因组学平台的完整功能,从基因上重建了多种RNA病毒,包括冠状病毒科、黄病毒科和肺炎病毒科的成员。从病毒分离物、克隆的病毒DNA、临床样本或合成的DNA获得病毒亚基因组片段后,利用转化相关重组克隆技术(Transformation-associated recombination cloning,TAR cloning)在酵母中一步重组,然后用T7 RNA聚合酶产生具有感染性的RNA进行病毒拯救。

       利用这一平台,在获得合成的DNA片段后一周内,即可获得SARS-CoV-2的克隆。这一技术有助于对突发的病毒性传染病疫情做出快速反应,能够在疫情爆发期间实时生成正在进化的RNA病毒变体并对其功能进行表征,大幅降低了因病毒变异给研究带来的困难。

     作者使用Promega RiboMAX™ Large Scale RNA Production System—T7(P1300)系统,通过体外转录反应合成了带5'帽子结构的病毒RNA及N protein mRNA,并将这些RNA经电穿孔导入细胞进行病毒拯救。

下图展示了TAR克隆和病毒拯救的流程及体外转录技术在其中的应用:

 

 

COVID-19相关嗅觉丧失与病毒持久性、人类嗅觉上皮炎症和仓鼠大脑感染有关

影响因子:17.953

发表时间:2021.6.2

中文摘要

      嗅觉和味觉功能障碍在COVID-19患者中很常见,尤其是在轻症患者中。文章作者对7名急性嗅觉丧失的COVID-19患者的嗅觉神经上皮进行了病毒学、分子和细胞水平的研究,结果表明,嗅觉神经上皮可能是SARS-CoV-2感染的主要部位,多种细胞类型,包括嗅觉感觉神经元、支持细胞和免疫细胞被感染,嗅觉神经上皮内SARS-CoV-2复制与局部炎症相关。此外作者发现,SARS-CoV-2可诱导叙利亚仓鼠急性嗅觉和味觉丧失,只要病毒留在嗅上皮和嗅球内,这种症状就会持续。最后作者在长期存在COVID -19相关嗅觉丧失的患者的嗅粘膜标本中,发现了病毒转录本和SARS-CoV-2感染的细胞,以及长时间存在的炎症。SARS-CoV-2的持久性和嗅觉神经上皮相关炎症可能是COVID-19嗅觉丧失等症状延长或复发的原因,这是对这种疾病的最佳医疗管理应考虑的因素。

     作者使用Promega RiboMAX™ Large Scale RNA Production System—T7(P1300)系统,通过体外转录反应合成了SARS-CoV-2 RNA,经纯化和定量后的RNA作为阳性对照和标准品,用于RT-qPCR检测和样品中SARS-CoV-2病毒RNA绝对拷贝数的计算。

 

使用一体化双重CRISPR-Cas12a法对SARS-CoV-2进行超灵敏和可视化检测

影响因子:14.919

发表时间:2020.9.18

中文摘要

       作者开发了一种一体化双重CRISPR-Cas12a检测方法(称为all-in-one dual CRISPR-Cas12a,AIOD-CRISPR),用于简单快速、超灵敏、高特异性的检测SARS-CoV-2。该方法以SARS-CoV-2核衣壳蛋白(N protein)基因为靶点,引入两种不受PAM序列限制的CRISPR RNA以高效启动基于双重CRISPR的核酸检测,灵敏度低至几个拷贝。在该方法中,核酸扩增和基于CRISPR的检测所需的所有成分均混合于同一个的反应体系中,并在单一温度下孵育,无需单独的预扩增或扩增产物的转移,产生的荧光信号可在荧光定量PCR仪上实时检测,也可以在LED蓝光或紫外光下直接观察到。该方法已经通过对临床拭子样本的检测进行了验证,得到了与RT-PCR方法一致的结果。该方法在开发新一代即时(point-of-care)分子诊断检测技术以在患者家中或小型诊所快速检测如COVID-19等传染病方面具有巨大潜力。

     作者使用Promega RiboMAX™ Large Scale RNA Production System—T7(P1300)系统,通过体外转录反应合成了SARS-CoV-2 N基因的RNA序列,并以这些RNA作为模板,进行RT-AIOD-CRISPR实验,结果显示该方法在实时检测和可视化检测中均可检测到低至5个拷贝的SARS-CoV-2 N基因RNA靶标。

 

基于Cas13的SARS-CoV-2 RNA检测方法的临床验证

影响因子:25.671

发表时间:2020.8.26

中文摘要

       利用等温扩增和CRISPR相关酶对报告分子的附带切割进行核酸检测是一种很有前景的荧光定量PCR的替代方法。早在2017年,张峰等人发表了基于CRISPR/Cas13a的SHERLOCK(Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing)分子诊断平台,可用于目标RNA的快速精准检测。本文中,作者将SHERLOCK技术应用于来自泰国Siriraj医院的154个临床鼻咽拭子样本中,进行SARS-CoV-2 RNA的检测。结果表明,该方法具有极高的检测灵敏度和特异性。为了便于SHERLOCK技术在资源有限、核糖核酸酶(RNase)污染风险增加的测试环境中的潜在应用,作者设计的侧向层析检测中包含了对RNase污染的内部参照,证实了可在单个侧向层析试纸条中对SARS-CoV-2 RNA和RNase的存在进行多重检测,这种方法有助于在资源有限的环境下进行SARS-CoV-2的检测。

 

1、一种稳健的等温RNA扩增试验方法的开发,用于无需实验室的RNA病毒检测

影响因子:4.379

发表时间:2021.8.6

中文摘要

       作者开发了一种稳健、快速、灵敏的等温扩增试验,称为RICCA(RNA Isothermal Co-assisted and Coupled Amplification),能够直接从唾液样本中快速检测低拷贝数的RNA病毒,使实现无需实验室的SARS-CoV-2病毒检测成为可能。该方法已经在印度和日本的医院进行了早期临床试验,展示了其在COVID-19诊断中应用的可能性。

    作者使用Promega RiboMAX™ Large Scale RNA Production System—T7(P1300)系统,通过体外转录反应合成了SARS-CoV-2和CoV-229E的RNA,并以这些RNA作为模板,用于SARS-CoV-2 RICCA检测方法的开发、优化,以及方法灵敏度和特异性的验证。

2、地高辛和哇巴因针对SARS-CoV-2感染的抗病毒活性及其对COVID-19的影响

发表时间:2020.10.1

中文摘要

      自新冠肺炎疫情爆发以来,临床统计数据表明,COVID-19合并高血压和心脏病的患者具有更高的死亡率。地高辛(digoxin,DIG)和哇巴因(ouabain,OUA)是由FDA批准的用于心脏病治疗的药物,这两种药物同时还具有针对几种冠状病毒的抗病毒活性。文中作者评估了DIG和OUA针对SARS-CoV-2感染的抗病毒活性,发现DIG和OUA处理可以抑制99%以上的SARS-CoV-2的复制,导致病毒侵入后阶段的生命周期受到抑制。这些结果表明,DIG和OUA可能是COVID-19的替代治疗方案,同时对于合并心血管疾病的患者可能具有潜在的额外治疗效果

    作者将SARS-CoV-2 N基因的PCR产物克隆到Promega pGEM-T Easy Vector(A1360)中,以此DNA为模板,利用Promega RiboMAX™ Large Scale RNA Production System—T7(P1300)系统,通过体外转录反应合成SARS-CoV-2的N RNA。经纯化的N RNA作为RT-qPCR的参考品,以10倍系列稀释的RNA参考品绘制标准曲线,用于病毒RNA拷贝数及IC50的计算。

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