第一天
蛋白质结晶前准备
1. 目的蛋白质信息检索(包括实操演示)
1.1 不同种属的蛋白
1.2 蛋白质一级结构的调查
1.3 蛋白质三级结构的预测
1.4 蛋白质理化特性的预测
1.5 蛋白质的配体和共价修饰
2. 分子克隆技术
2.1 目的基因的获取(包括实操演示)
2.2 目的基因的引物设计(包括实操演示)
2.3 传统克隆技术(涉及学习SnapGene软件,包括实操演示)
2.4 无缝克隆技术(涉及学习SnapGene软件,包括实操演示)
以某一基因进行操作演示
3. 利用大肠杆菌表达目的蛋白
3.1 目的蛋白的小量鉴定表达
3.2 目的蛋白的大量表达
3.3 收菌和裂解菌体
3.4 裂解液的离心
3.5 目的蛋白的浓缩
3.6 目的蛋白浓度的测定
4. 真核表达系统
第二天
蛋白质结晶准备
1.蛋白晶体结构的特征
1.1蛋白晶体的空间格子、晶胞和晶面指标
1.2蛋白晶体的对称性、点群、晶系和空间群
2. 蛋白质晶体生长的理论知识(详细讲解温度、pH值、离子强度、有机溶剂、沉淀剂,等等,对蛋白晶体生长的影响;影响蛋白质晶型的因素)
3. 蛋白质晶体生长条件的初筛(详细讲解晶体初筛的注意事项)
4. 蛋白质晶体生长条件的优化 (详细讲解晶体优化的方法,包括改变pH值、沉淀剂,等因素)
5. 晶种法优化蛋白质晶体生长条件
6. 蛋白晶体的挑选和防冻液的配制
第三天
蛋白晶体衍射数据收集
1.X射线衍射
1.1. X射线衍射原理
1.2. X射线衍射的电子密度
1.3. 晶体结构解析的相角问题
2. 上海光源线站BL18U1、BL19U1和BL02U1收集数据的方法 (重点详细讲解,可能需要更长的时间)
3. 蛋白晶体结构解析软件的安装(包括Ubuntu系统、Phenix软件、CCP4软件、PyMoL软件、XDS软件和Adxv软件)
第四天
蛋白晶体结构解析
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1. 晶体结构的解析
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1.1. 晶体结构解析流程
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1.2. Index、Intergrate和Scale
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1.3. 分子置换技术(包括实操演示)
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1.4. 蛋白晶体结构的重建(包括实操演示)
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1.5. 蛋白晶体结构的优化(包括实操演示)
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2. 晶体结构的精修(涉及COOT软件、Phenix软件和CCP4软件,包括实操演示)
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3. 晶体结构质量的评价指标(详细讲解各个评价指标)
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4. 蛋白质结构中加入小分子配体
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5. 在结构解析过程中,如何利用软件提高分辨率(重点讲解,需要较长的时间)
第五天
蛋白晶体结构的提交及展示
1. 从晶体生长到解析,详细剖析提高分辨率的方法(包括示例演示)
2. 蛋白晶体结构数据提交到PDB(包括实操演示)
3. 蛋白晶体结构的展示(包括实操演示)
案例实操图片: